Analyse bioinformatique et statistique des données

Description / Workflow

Le PPM met en œuvre des outils bioinformatiques et biostatistiques dédiés aux analyses et à la gestion des quantités massives de protéomique. Ces prestations sont adaptées à chaque projet dans le but de fournir des indicateurs pertinents d’aide à la décision.

• Retraitement des données (contrôle qualité, identification des biais, normalisation, identification, quantification, validation).
• Analyse statistique des données (filtres, normalisation, groupes, imputation des données manquantes, t-test, ACP, etc.).
• Conception et développement de chaînes de retraitement des données.
• Gestion des données (soumission dans des entrepôts publics, etc.)

Applications

• Analyse de protéomique « bottom-up » : identification des peptides/protéines, quantification et analyse statistique des résultats
• Analyse fonctionnelle des réseaux biologiques : projection des protéines/biomarqueurs d’intérêt dans des réseaux biologiques
• Création de bases de données interfacées sécurisées (données cliniques, protéomiques) : conception, développement et gestion de la base de données.

Pré-requis / Contraintes

• Existence de banques de séquences publiques et/ou privées pour l’identification des protéines.
• Plan d’expériences avec à minima 3 réplicats pour l’analyse statistique.

Technologies

• Logiciels dédiés à la gestion, la validation et l’interprétation des données de spectrométrie de masse (MaxQuant, Proteome Discoverer, Skyline, etc.).
• Logiciels en biostatistiques (Perseus, R, etc.)
• Logiciels d’analyse de réseaux (Cytoscape, Gene Ontology, etc.).
• Serveurs de calcul et de stockage.

Plateaux